В марте 2021 года Джо Байден поручил Харрис возглавить работу по решению проблемы незаконной миграции из Мексики и стран «Северного треугольника» — Сальвадора, Гватемалы и Гондураса. На тот момент проблема стояла особенно остро — через границу переходили тысячи людей, в том числе рекордное число несовершеннолетних без сопровождения взрослых.
Харрис сделала ставку на решение проблем внутри «Северного треугольника», рассудив, что если уровень жизни там вырастет, то и люди перестанут эмигрировать. Программа помощи включала стимулирование инвестиций в регион ($750 млн от частных компаний), возобновление сотрудничества на уровне правоохранительных органов, гуманитарную помощь пострадавшим от разрушительных ураганов, предоставление бесплатных вакцин от коронавирусной инфекции, обучение и профессиональную переподготовку безработных и другие меры.
Джо Байден запросил у Конгресса $4 млрд на четыре года, и Харрис проводила встречи с конгрессменами, убеждая их, что средства налогоплательщиков не будут потрачены зря. Она привлекала к участию в программе частный бизнес (смогла, например, договориться с производителем кофе Nespresso). Наконец, требовалось наладить сотрудничество с властями стран «Северного треугольника» — но при этом проявить сдержанность, чтобы это не было воспринято как полное одобрение коррумпированных правительств. Например, президента Гондураса Хуана Орландо Эрнандеса федеральные прокуроры США обвиняли в наркоторговле. А президент Сальвадора уволил независимого прокурора, который уличил его во взяточничестве.
Реализация программы продвигалась медленно, и Харрис регулярно получала критику и обвинения в том, что она не справляется. Сторонники Трампа (и его идеи построить на границе с Мексикой стену) ругали вице-президента за слишком мягкий подход. Иммиграционные активисты и левые в Демократической партии — за заявление, которое Харрис сделала во время визита в Гватемалу: «Не приезжайте. Не приезжайте. Я считаю, что если вы приедете на нашу границу, вас отправят обратно». Ей припомнили, что ее собственные родители были иммигрантами.
Харрис оправдывалась: нелегальная миграция — серьезнейшая проблема, которую не могли решить годами. «Они [Харрис и ее команда] придерживаются правильного подхода, — цитирует Los Angeles Times гватемальскую активистку Кармен Росу де Леон. — Но, к сожалению, возможно, нам нужен был такой подход 10 лет назад, а не сейчас». Директор правозащитной организации Border Network for Human Rights Фернандо Гарсия, оценивая работу Харрис в комментарии для CNN, был разочарован: «Мы не услышали никаких существенных сообщений, призывающих к улучшению иммиграционной политики. Мы не видели ее лидерства».