2 февраля 2021 года Симоновский районный суд заменил Навальному условный срок по делу «Ив Роше» на реальный. Несмотря на требования ЕСПЧ и мировой общественности, политика отправили в тюрьму. «Немножко математики: в 2014 году меня осудили, дали три с половиной года, дали испытательный срок, а сейчас 2021-й год. Но меня продолжают судить по этому делу. Меня уже и невиновным признали, и то что состава преступления там нет, но с упорством маньяков наше государство пытается посадить меня по этому делу. Почему же по этому делу? Уж чего-чего, а недостатка уголовных дел в отношении меня точно нет. Тем не менее кому-то очень хочется, чтобы я ни одного шага не сделал на территории нашей страны, вернулся как свободный человек. И чтобы с момента пересечения границы оказался арестантом. Мы знаем кому. Почему это случилось. Причина — ненависть и страх одного человека, живущего в бункере. Я нанес ему смертельную обиду тем, что я просто выжил. Я нанес смертельную обиду тем, что я выжил, — говорил Навальный на суде. — Этот процесс, я очень надеюсь, не будет воспринят людьми как сигнал того, что они должны больше бояться. Это же неправда, что это демонстрация силы — вот это все, Росгвардия, эта клетка. Это демонстрация слабости, просто слабости. И миллионы, и сотни тысяч посадить нельзя. И я очень надеюсь, что люди будут все больше и больше осознавать это. И когда они осознают, а такой момент придет, все это рассыплется. Потому что вы не посадите всю страну, потому что всех этих людей, которых лишили перспектив, лишили будущего, которые живут в богатейшей стране и получают ноль от национальных богатств, ноль получают все остальные, мы только по количеству миллиардеров в мире растем, все остальное падает. Я сижу в своей камере и слышу репортажи о том, как подорожало масло, подорожали макароны, подорожали яйца. 2021 год, страна — экспортер нефти и газа. У нас вся страна говорит о том, что макароны подорожали и мы жить больше не можем. И вот вы этих людей лишили перспектив, и вы этих людей пытаетесь запугать. Я призываю всех не бояться».
В марте 2022 года Лефортовский суд Москвы приговорил политика к девяти годам колонии строгого режима и штрафу 1,2 млн рублей по делу о мошенничестве и неуважении к суду. Дело появилось еще в декабре 2020-го. Навального обвинили в нецелевом расходовании части пожертвований, которые были сделаны нескольким некоммерческим организациям, в том числе ФБК (Фонд борьбы с коррупцией, признан иноагентом и экстремистской организацией, деятельность запрещена, ликвидирован в 2021 году), на сумму более 356 млн рублей. По версии следствия, Навальный потратил их на покупку «личного имущества, материальных ценностей и оплату расходов (в том числе отдыха за границей)». Обвинение запрашивало для Навального 13 лет колонии. Дело слушалось в колонии Владимирской области.
В августе 2023 года Навальный получил свой последний срок — он был приговорен к 19 годам по делу о создании ФБК и экстремизме. Оглашение приговора, как и слушания по делу (с середины июня), проходило в закрытом режиме. В СК сочли, что ФБК был создан «с целью осуществления экстремистской деятельности, направленной на изменение основ конституционного строя в Российской Федерации, подрыв общественной безопасности и государственной целостности Российской Федерации». Для того чтобы поддерживать деятельность ФБК, были созданы фонды и коммерческие организации, а также общественное движение «Штабы Навального» (признаны экстремистской организацией и запрещены), утверждали следователи. Они пришли к выводу, что задачами сообщества были дискредитация органов государственной власти, дестабилизация обстановки в регионах, создание протестного настроения у населения и формирование общественного мнения о необходимости насильственной смены власти, а также организация и проведение протестных акций, перерастающих в массовые беспорядки.
Сам Навальный говорил о своем приговоре так: «Я отлично понимаю, что, как и многие политзаключенные, сижу пожизненный срок. Где пожизненность измеряется сроком моей жизни или сроком жизни этого режима».