Теракт на «Невском экспрессе» произошел всего через несколько дней после того, как подозреваемый в предыдущем аналогичном теракте 13 августа 2007 года Макшарип Хидриев признал свою вину — правда, лишь в том, что перевез взрывчатку на своем автомобиле. За день до этого признания еще один обвиняемый, Саламбек Дзахкиев, был вместе со своим адвокатом осужден на срок чуть больше двух лет — но не за терроризм, а за попытку дать взятку сотруднику СКП, руководившему расследованием.
Министр внутренних дел РФ Рашид Нургалиев еще два года назад заявил, что теракт 2007 года раскрыт. Но многие из задержанных были отпущены на свободу, а организаторы теракта до сих пор не найдены. Схемы обоих преступлений практически идентичны — тот же поезд, тот же способ совершения преступления, почти те же район и время.
Вот как расследовалось дело о предыдущем взрыве «Невского экспресса»:
13 августа 2007 года были взорваны пути под скорым поездом №166 «Невский экспресс» неподалеку от города Малая Вишера Новгородской области. Пострадали 60 человек, 19 из них были госпитализированы.
16 августа 2007 года по подозрению в причастности к взрыву были задержаны участники организации «Питерская лига анархистов» Андрей Каленов и Денис Зеленюк. Однако через 30 суток они были отпущены на свободу без предъявления обвинений.
19 августа 2007 года был задержан житель Новгородской области Хасан Дидигов, чеченец по национальности, однако вина его доказана не была. 18 сентября 2007 года он был освобожден из-под стражи и тут же задержан вновь, но уже в рамках другого уголовного дела. В феврале 2008 года Дидигов был признан виновным в грабеже и умышленном причинении вреда здоровью и осужден на 6 лет лишения свободы.
23 октября 2007 года в селе Экажево Назрановского района Ингушетии по подозрению в причастности к взрыву «Невского экспресса» были задержаны братья Амирхан и Макшарип Хидриевы.
15 ноября 2007 года министр внутренних дел РФ Рашид Нургалиев заявил, что теракт раскрыт благодаря «высокому профессиональному мастерству, настойчивости и самоотверженности» сотрудников подразделений по борьбе с оргпреступностью.
18 декабря 2007 года в Ингушетии задержан еще один подозреваемый — Саланбек Дзахкиев.
В апреле 2008 года один из задержанных братьев, Амирхан Хидриев, был отпущен на свободу, уголовное дело в отношении него было прекращено.
4 июля 2008 года адвокат Саланбека Дзахкиева Магомед Разаков попытался подкупить следователя Николая Ущаповского и за деньги добиться освобождение Дзахиева из-под стражи. Передача взятки размером 1 млн рублей состоялась под контролем оперативников ФСБ. Адвоката взяли под стражу, ему и его подзащитногму предъявили обвинение в попытке подкупа следствия.
13 августа 2008 года Следственный комитет при прокуратуре России (СКП) объявил в розыск «русского ваххабита» Павла Косолапова, которого правоохранительные органы подозревают в причастности к ряду терактов на территории России, в частности к взрывам в московском метро в 2004 году, на газораспределительных станциях и ЛЭП в Подмосковье, на автобусных остановках Воронежа и на рынке Самары. Косолапов подозревается и в организации взрыва «Невского экспресса» в августе 2007 года. Его считают изготовителем взрывных устройств для этих терактов. По оперативным данным, заказчиком терактов был полевой командир Доку Умаров.
23 июня 2009 года начался судебный процесс по делу о взрыве «Невского экспресса». Саланбеку Дзахкиеву и Макшарипу Хидриеву предъявлены обвинения по пунктам «а» и «в» части 2 ст. 205 УК РФ (теракт), пунктам «а» и «г» части 2 ст. 112 УК РФ (умышленное причинение вреда здоровью средней тяжести) и части 3 ст. 222 УК РФ (незаконное приобретение, передача и перевозка взрывчатых веществ организованной группой). Обвиняемым грозит до 20 лет лишения свободы. Павлу Косолапову обвинение предъявлено заочно.
12 ноября 2009 года на заседании суда Хидриев заявил о том, что под давлением следствия оговорил невиновного Дзахкиева.
24 ноября 2009 года суд признал Саламбека Дзахкиева и его адвоката Магомеда Разакова виновными в покушении на дачу взятки сотруднику СКП, возглавлявшему расследование теракта. Дзахкиев приговорен к 2 годам и 4 месяцам лишения свободы, Разаков — к 2 годам и 2 месяцам.
25 ноября 2009 года Макшарип Хидриев признал свою вину, заявив журналистам в перерыве между судебными заседаниями, что на своем легковом автомобиле привез взрывчатку в Маловишерский район Новгородской области. По словам Хидриева, в том же автомобиле с ним ехал его брат Амирхан.
27 ноября 2009 года были взорваны пути под скорым поездом №166 «Невский экспресс».