По данным ФСБ, в причастности к теракту подозревают 11 человек. Четверо из них, по версии следствия являющиеся непосредственными исполнителями, были задержаны 23 марта. На следующий день им было предъявлено обвинение. Еще трое фигурантов были доставлены в суд 25 марта, а на следующий день суд отправил в СИЗО еще одного подозреваемого. Всем предъявлено обвинение в совершении террористического акта в составе группы лиц (пункт «б» части 3 статьи 205 УК), максимальное наказание по этой статье — пожизненное заключение.
Объединенная пресс-служба Московских судов сообщила о полном признании вины двумя обвиняемыми по делу о теракте — это Саидакрами Муродали Рачабализода и Далерджон Мирзоев. 25 марта на совещании с Владимиром Путиным глава Следственного комитета Александр Бастрыкин заявил, что вину признали все четверо исполнителей теракта.
28 марта Росфинмониторинг внес четырех обвиняемых в совершении теракта в Crocus City Hall — граждан Таджикистана Саидакрами Рачабализоду, Шамсидина Фаридуни, Далерджона Мирзоева и Мухаммадсобира Файзова — в перечень лиц, причастных к терроризму и экстремизму. Их имена добавлены в соответствующий список, опубликованный на сайте ведомства.
В следующие за терактом дни число обвиняемых увеличилось до 11.