Прохладные отношения руководства ЮКОСа и «Роснефти» ни для кого не были секретом еще в 2003 году. Михаил Ходорковский будто жаловался Владимиру Путину на коррупцию в госкомпании, Сергей Богданчиков в ответ якобы обвинял конкурента в махинациях с акциями «Енисейнефти». После ареста руководителей ЮКОСа «Роснефть» незамедлительно попала в круг потенциальных бенефициаров скандала.
Весной 2004 года эту версию подогрели слухи о подготовке госкомпании к привлечению синдицированного кредита на $500 млн. И хотя Богданчиков яростно отрицал интерес к активам ЮКОСа, уже в июле стало известно о будущей продаже ключевого предприятия империи Ходорковского — «Юганскнефтегаза» (ЮНГ, 60% добычи ЮКОСа) — в счет погашения налоговой задолженности. Приход на пост председателя совета директоров «Роснефти» Игоря Сечина лишь укрепил подозрения инвесторов.
Несмотря на провал идеи с победой на торгах «Газпрома», государство нашло способ экспроприировать ЮНГ. 76,79% акций «дочки» ЮКОСа за $8,6 млрд досталось безызвестному ООО «Байкалфинансгруп» (БФГ). Это была созданная за пару недель до аукциона фирма-однодневка с уставным капиталом в 10000 рублей, подставным юридическим адресом в Твери и фиктивным гендиректором. Секрет Полишинеля был раскрыт спустя несколько дней, когда БФГ была куплена «Роснефтью». Одним из самых удивительных эпизодов в деле ЮКОСа остается откровенное признание Путина в том, что ему знакомы реальные владельцы БФГ — «физические лица, которые многие годы занимаются бизнесом».
«Роснефть», получив вожделенный актив через посредника, всерьез поправила репутацию в глазах инвесторов, несмотря на скандальный шлейф сделки, а ее кремлевские покровители отстояли право компании на самостоятельное развитие без «удочерения» «Газпромом».
Огосударствление ЮНГ кратно увеличило потенциал добычи «Роснефти» и сократило налоговую задолженность предприятия. «Роснефть» выкупила у западных банков долги ЮКОСа почти на $500 млн и активно включилась в процесс банкротства в недавнем прошлом своего крупнейшего конкурента. Тогда же стало известно, что деньги на ЮНГ госкомпания взяла в ВЭБе и Сбербанке через сложную залоговую схему с привлечением своих дочерних структур. Тема ЮКОСа для «Роснефти» закрыта, успокаивал в интервью Богданчиков.
Но с ним не спешили соглашаться обиженные акционеры ЮКОСа. Ответчиком новым владельцам активов приходилось выступать в судах США, Британии и Нидерландов. «Роснефть» не раз выплачивала многомиллиардные суммы по искам.