Любой НПЗ в мире неизбежно влияет на окружающую среду, воздействуя на воздух, почву и водоемы. Современные технологии позволяют минимизировать отрицательный эффект. В ходе модернизации на заводе старые установки меняют на новые ради повышения экологической безопасности и качества нефтепродуктов. За период 2011–2015 годов объем вредных веществ, поступающих в атмосферу от Московского НПЗ в Капотне, снизился на 36%. Построены новые очистные сооружения, степень очистки сточных вод выросла до 95%. Сейчас на НПЗ работают 2100 человек. Первая смена каждого нового дня заступает в 00:00, следующая — в 08:00, третья — в 16:00.
Завод обеспечивает около 40% потребностей Московского региона в нефтепродуктах. В 2015 году из 11 млн т нефти НПЗ произвел 2,68 млн т бензина, 2 млн т дизтоплива, 2,93 млн т мазута и 644 200 т авиакеросина. Летом спрос на топливо выше, чем в холодное время года, поэтому мощности НПЗ обычно полностью загружены.