При президенте Дмитрии Медведеве:
В эпоху президентства Медведева его любимый репутационный проект — инноград Сколково — бурно развивался. В частности, за три года из бюджета сколковский фонд получил около 50 млрд рублей, до 2015 года он получит еще 36 млрд рублей. Кроме того, Медведев установил особый порядок финансирования Сколковского института науки и технологий («дочка» фонда «Сколково») — через специальный фонд, в который госкомпании в течение трех лет должны перечислять 1% от программ инновационного развития, или 0,5-3% чистой прибыли за истекший год. В Сколково при Медведеве предполагалось провести саммит G20.
При президенте Владимире Путине:
После возвращения Путина в Кремль перспективы Сколково омрачились. В декабре 2012 года он неожиданно наложил вето на поправки (прошедшие три чтения в Госдуме) в закон о переносе сроков переезда компаний в инновационный центр и расширении прав управляющей компании «Сколково» в градостроительной сфере. В Кремле указали на размытость критериев оценки эффективности сколковских компаний, «пробелы в сфере регулирования прав на результаты интеллектуальной деятельности» и снижение статуса других российских наукоградов.
В конце 2012 года Путин развенчал и другую амбициозную затею Медведева, связанную со Сколково, — прием саммита G20 в 2014 году. По словам президента, «проводить такое мероприятие на строительной площадке было бы некорректно». Саммит символично переехал из «города Медведева» в «город Путина» — олимпийскую столицу Сочи.
В мае 2013 года Владислав Сурков покинул кабинет министров с официальной формулировкой «по собственному желанию». Он был ключевым для реализации сколковского проекта чиновником — входил в попечительский совет фонда «Сколково» и регулярно защищал проект от нападок критиков. Источники Forbes свидетельствовали о том, что аппаратные враги вице-премьера в Кремле расценили выплату фондом «Сколково» $750 000 Илье Пономареву как косвенную поддержку несистемной оппозиции, поскольку депутат выбился в лидеры «белоленточного» движения как раз с началом массовых протестов в декабре 2011 года. Официально эту версию подтвердить никто не решился.
Уходу Суркова из правительства предшествовал ряд претензий Следственного комитета к Сколково. В феврале 2013 года было возбуждено уголовное дело по обвинениню в хищении путем растраты в отношении директора департамента финансов фонда «Сколково» Кирилла Луговцева и гендиректора таможенно-финансовой компании «Сколково» Владимира Хохлова. Вскоре у следователей возникли подозрения в нецелевом расходовании 3,5 млрд рублей, выделенных фонду «Сколково» из бюджета. Расследование этих эпизодов продолжается.
Наконец, в июне 2013 года Путин освободил госкомпании от обязанности финансирования «Сколтеха». Эту информацию подтвердил глава фонда «Сколково» (этот фонд один из учредителей «Сколтеха») Виктор Вексельберг.