Любая холдинговая компания стоит меньше, чем все входящие в нее предприятия. Почему? По оценке аналитиков «Тройки Диалог» (сейчас «Сбербанк КИБ»), минимальный дисконт равен налогу на прибыль, которую уплатила бы холдинговая структура при продаже всех своих активов. В Турции, например, эффективная ставка налога на прибыль составляет 9,2%, и примерно на столько же капитализация Koc Holdings, занимающегося бизнесом от переработки нефти до экспорта автомобилей, ниже, чем суммарная стоимость входящих в него компаний (дисконт колеблется от 2% до 12%).
Российский пример — АФК «Система», принадлежащая находящемуся под домашним арестом Владимиру Евтушенкову. АФК «Система» управляет контрольными пакетами МТС, МГТС, «Башфнети», «Детского мира», «Медси» и ряда других компаний. Сама АФК «Система» и ее крупнейшие активы МТС («Системе» принадлежит 53%) и «Башнефть» (81,7% обыкновенных и 20,8% привилегированных акций) — публичные компании.
В годовом отчете за 2013 год АФК «Система» указала, что платит налог на прибыль по ставке 20%. Однако, по оценке «Атона», с июля 2009 года по сентябрь 2014 года капитализация «Системы» в среднем была на 45% ниже суммарной капитализации МТС и «Башнефти». Почему дисконт был в два раза больше минимального задолго до событий 2014 года, когда российские власти стали ворошить приватизацию «Башнефти»? Еще в 2012 году в проспекте к размещению еврооблигаций на Ирландской бирже АФК «Система» предупредила инвесторов, что результаты приватизации «Башнефти» и МГТС могут быть пересмотрены и тогда холдинг рискует потерять эти компании: «нарушение законодательства третьими лицами при совершении сделок с акциями подконтрольных компаний до их приобретения «Системой» может привести к пересмотру ее прав на эти активы». Инвесторы учли этот риск и заложили его в цену акций «Системы». На конец сентября 2014 года дисконт составлял рекордные 74%.
Еще в 2004 году Счетная палата опубликовала результаты проверки приватизации шести предприятий башкирского ТЭК («Башнефти», «Уфимского НПЗ», «Уфанефтехима», «Ново-Уфимского НПЗ», «Уфаоргсинтеза», «Башкирнефтепродукта»). Эти компании впоследствии легли в основу объединенной «Башнефти». Аудиторы констатировали незаконное отчуждение из федеральной собственности акций этих предприятий, в конечном счете оказавшихся под контролем «Башкирского капитала» Урала Рахимова, сына первого президента Башкортостана.
В 2005 году АФК «Система» приобрела у «Башкирского капитала» блокирующие или близкие к ним доли компаний башкирского ТЭК за $600 млн, а в 2009 году потратила еще $2 млрд на выкуп контрольных пакетов. В 2011 году «Башнефть» выиграла аукцион на разведку и добычу нефти на гигантских месторождениях Требса и Титова (извлекаемые запасы 140 млн т) и позже для их освоения создала совместное предприятие с «Лукойлом» «Башнефть-Полюс» (74,9% у «Башнефти», 25,1% у «Лукойла»). На месторождениях Требса и Титова «Башнефть» потратила в общей сложности $1261 млн. Получается, что суммарные инвестиции АФК «Система» в нефтяной бизнес составляют примерно $2,6 млрд. При этом, по расчетам аналитиков Credit Suisse, за годы владения «Башнефтью» АФК «Система» получила в форме дивидендов около $3,8 млрд.
В конце апреля 2014 года было возбуждено уголовное дело в отношении Урала Рахимова о хищении акций компаний башкирского ТЭК и незаконной легализации денежных средств. По этому делу 23 июля 2014 года АФК «Система» получила уведомление о запрете на сделки с акциями «Башнефти», а 16 сентября глава и основной акционер АФК «Система» Владимир Евтушенков был помещен под домашний арест. Вскоре началось арбитражное разбирательство по поводу акций «Башнефти». Первый заместитель генерального прокурора России Александр Буксман подал иск к АФК «Система» об истребовании пакета акций «Башнефти» в федеральную собственность, и 25 сентября Московский арбитражный суд арестовал этот пакет и запретил «Системе» получать дивиденды от «Башнефти».
Аналитики «Атона» не исключают, что если в результате судебных разбирательств АФК «Система» лишится акций «Башнефти», то ей придется вернуть государству и дивиденды. Пока же положительное сальдо от инвестиций в нефтяной бизнес «Башнефти» составляет для холдинга Евтушенкова $1,2 млрд.