Маргерит родилась в 1957 году в небольшом городе Руйиги на востоке Бурунди. В 1993 году на ее родине началась война между двумя этническими группами — тутси и хуту. Как и во время геноцида в соседней Руанде, в Бурунди хуту массово убивали тутси.
Сама Баранкитс принадлежит к тутси, но среди детей, которым она помогала, были и хуту. Она выкупала пленных, усыновляла сирот и открыла приют для детей, оставшихся без попечения родителей, какой бы ни была их этническая принадлежность.
Сегодня миссия Маргерит и ее организации расширилась — вместе с коллегами они заботятся о детях, потерявших родителей не из-за войны, а из-за эпидемии ВИЧ, причем не только в Бурунди, но и в Руанде, а также в Демократической Республике Конго. Приюту уже 28 лет, и за это время через него прошли более 20 000 детей. В 2016 году Маргерит стала лауреатом армянской гуманитарной премии «Аврора», а годом позже на марке, выпущенной в Армении, появилось ее изображение.
Баранкитс считает себя гражданкой мира и убеждена: «Любовь преодолевает все препятствия. Даже если у нас нет ничего, мы можем дарить другим радость и нежность».