В 2004-м команда принадлежит АО «Лужники», входит в топ-5 лучших клубов страны, но собирает в среднем по 6000 зрителей на 80-тысячном стадионе. Годом ранее группа бизнесменов во главе с Александром Мамутом пыталась приобрести «Торпедо» за $30 млн, но стороны не договорились.
В 2006-м команда впервые в истории вылетает из высшего дивизиона, испытывая серьезные финансовые проблемы, и продает лидеров: Игоря Семшова в «Динамо» (Москва) за €4,5 млн и Эмира Спахича в «Локомотив» за €3 млн.
В 2009-м гендиректор «Лужников» Владимир Алешин возвращает ЗИЛу блокирующий пакет акций клуба за символический рубль с перспективой объединения «Торпедо» и команды-клона «Торпедо-ЗИЛ». Однако в результате сложной многоходовки контроль над «Торпедо» переходит к генеральному директору Александру Тукманову, 24,5% акций в счет погашения долга в 343 млн рублей получает компания Татевоса Суринова «Эльгера», а основным акционером и инвестором остается правительство Москвы. Клуб ненадолго лишается профессионального статуса, но вскоре возвращает его.
Летом 2010-го 49% акций клуба покупает компания Energy Consulting Михаила Пономарева, давнего болельщика «Торпедо», но весной 2011-го из-за конфликта с Тукмановым бизнесмен покидает команду.
В 2014-м команда на сезон возвращается в премьер-лигу и бесславно вылетает обратно в ФНЛ, а уже в 2015-м из-за долгов (больше 200 млн рублей) «Торпедо» не может заявиться даже в ФНЛ, однако расходы на участие в третьей по статусу футбольной лиге страны — ПФЛ — берет на себя ЗИЛ.
В 2017-м миллиардер Роман Авдеев, годом ранее купивший у Михаила Прохорова стадион им. Стрельцова как часть крупной девелоперской компании ОПИН, становится основным владельцем (75,5%) клуба с долгом в 1 млрд рублей.
В 2019-м клуб «Торпедо Москва» играет в первенстве ПФЛ и держится в лидерах группы «Центр». Бюджет на сезон 2018/19 — около 150 млн рублей, титульный спонсор — Ingrad, цель — выход в ФНЛ. «Будем постепенно ставить перед клубом высокие задачи», — формулирует перспективы «Торпедо» Авдеев.